Два агента с различными взглядами объединили свои усилия для расследования дел, связанных с паранормальными или необъяснимыми явлениями, которые Федеральное бюро расследований классифицировало как «Секретные материалы». Их решимость обнажить скрытую правду была непоколебима: один стремился найти ответы в мире потустороннего, тогда как другой предпочитал более земные научные объяснения. Совместными усилиями они совершат открытия, о которых прежде даже не могли мечтать.
«Секретные материалы» были закрыты, и Малдер с Скалли оказались разлучены. Скалли обнаружила себя преподающей курсы в Академии ФБР в Куантико, штат Вирджиния, тогда как Малдеру была поручена задача слежки. В качестве его нового партнера выступал агент Алекс Крэйчек, а загадочная X стала новым источником информации для него. Малдер боролся за то, чтобы сохранить свое стремление к истине живым.Однако ирония судьбы заключалась в том, что именно Скалли пережила те самые близкие встречи с необъяснимым, о которых так мечтал Малдер. Она отправилась в путешествие, которое в итоге воссоединило двух агентов и укрепило их связь до такой степени, что они стали ближе друг другу, чем когда-либо прежде.
Малдер пропал без вести и предположительно погиб... однако Скалли видит видение, в котором он всё ещё жив. Но даже после их воссоединения каждый должен справиться с дополнительной личной утратой — трагедиями, которые в конечном итоге только укрепляют связь между ними. Вскоре они обнаруживают, что зависят от этой силы, когда знакомые враги вновь появляются на горизонте, а привычные представления рушатся под напором новых обстоятельств.
Пророческие слова пришельца Бунти Хантера звучат эхом по всему четвёртому сезону сериала, начиная с почти смертельного ранения матери Малдера и убийства таинственного X. Возвращение Алекса Кричека и чёрного масла инопланетян затмевается лишь раком Скалли. Трагическое появление Макса Фенига приводит к гибели одного из агентов ФБР. Несмотря на то что эти события укрепляют веру Малдера в разрастающуюся конспирацию, ошеломляющая правда, открывшаяся перед Скалли, погружает его в кризис веры, который может стать решающим ударом для него.
Даже когда генетически изменённая ДНК Скалли приближает её к грани смерти, агент правительства Михаил Кричгау помогает Малдеру в поисках лекарства, отчасти чтобы искупить свою причастность к распространению ложных сведений об инопланетянах. Вновь ДНК Скалли играет решающую роль, когда она обнаруживает себя матерью маленькой девочки по имени Эмили — событие, которое можно связать только с похищением, произошедшим много лет назад. Однако в конечном итоге именно молодой мальчик по имени Гибсон Прайс оказывается носителем генетического доказательства связи человека с внеземной расой и может стать ключом к разгадке тайн "Секретных материалов".
Когда террористическая бомба разрушает здание в Далласе, штат Техас, агенты ФБР Фокс Малдер и Дана Скалли оказываются втянутыми в опасную конспирацию, превосходящую все, с чем им доводилось сталкиваться ранее. С сомнительной поддержкой параноидального доктора Малдер и Скалли рискуют своими карьерами и жизнями ради преследования смертельного вируса, который может иметь внеземное происхождение — и угрожает уничтожить всю жизнь на Земле.
Пока Малдер находился в неврологическом отделении, его мозг едва выдерживал смертельные электрические разряды; тем временем Скалли пыталась разгадать смысл странных символов на космическом корабле, обнаруженном под водой у побережья Слоновой кости в Западной Африке. Однако связь между этими двумя загадками была лишь началом множества тайн, с которыми предстояло столкнуться агентам ФБР. Наступала эпоха преодоления и новых испытаний: для Малдера это было время горечи от потери матери, Дианы Фаули, и осознания того, что поиски похищенной сестры Саманты подошли к концу; для Скалли же наступал момент встретиться лицом к лицу со своими личными демонами, среди которых вновь появился Донни Пфастер, одержимый фетишем смерти. И когда Скалли начинала новую главу своей жизни, случилось ужасное – Малдера похитили.
После исчезновения Малдера Скалли возвращается в штаб-квартиру ФБР и обнаруживает, что специальный агент Джон Доггетт возглавляет поиски её партнёра. Зная о тщетности такого рода поисков, Скалли вместе со Скиннером обращаются к Одиноким Стрелкам в надежде получить информацию об активности НЛО вокруг времени пропажи Малдера. Однако эти сведения приводят их к Гибсону Прайсу — человеку с именем Гибсон, который на самом деле является инопланетным охотником за головами. Окончательно понимая, что найти Малдера будет непросто, агент Доггетт официально назначается руководителем дела X-Files. Теперь, после всего пережитого вместе с Малдером, именно Скалли становится «верующей», и ей приходится искать способ сотрудничества со «скептиком» Джоном Догкеттом.
Осознавая, что его присутствие лишь подвергает опасности Скалли и Уильяма, Малдер вновь исчезает – но на этот раз по собственному решению. Разочарованный агент Доггетт пытается отыскать Малдера, чтобы продолжить расследование против заместителя директора Керша, однако Скалли и Скиннер убеждают его отказаться от дела. Тем не менее, помогая агентам Доггетту и Рейесу в некоторых расследованиях, Скалли осознаёт, что Уильям всё ещё находится под угрозой. Узнав о намерении религиозного культа убить её сына, она обращается за помощью к Одиноким Стрелкам (Lone Gunmen). Однако даже они оказываются бессильны предотвратить похищение Уильяма, что заставляет Скалли принять тяжёлое решение. И даже в самые мрачные часы своей жизни она получает известие о том, что Малдер найден – и содержится под стражей в военном бриге по обвинению в убийстве человека, который не может умереть.
Агент ФБР Дана Скалли и Фокс Малдер были поручены работе над проектом "Секретные материалы". Этот проект представлял собой архив нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер искренне верил в существование пришельцев и настойчиво пытался убедить скептически настроенную Скалли в том, что многие загадки не поддаются рациональному объяснению. С течением времени их взаимное недоверие постепенно переросло в крепкую дружбу, а затем и в более глубокое чувство привязанности друг к другу.
Агент ФБР Дана Скалли и Фокс Малдер были поручены работе над проектом "Секретные материалы". Этот проект представлял собой архив нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер искренне верил в существование пришельцев и настойчиво пытался убедить скептически настроенную Скалли в том, что многие загадки не поддаются рациональному объяснению. С течением времени их взаимное недоверие постепенно переросло в крепкую дружбу, а затем и в более глубокое чувство привязанности друг к другу.