Осознавая, что его присутствие лишь подвергает опасности Скалли и Уильяма, Малдер вновь исчезает – но на этот раз по собственному решению. Разочарованный агент Доггетт пытается отыскать Малдера, чтобы продолжить расследование против заместителя директора Керша, однако Скалли и Скиннер убеждают его отказаться от дела. Тем не менее, помогая агентам Доггетту и Рейесу в некоторых расследованиях, Скалли осознаёт, что Уильям всё ещё находится под угрозой. Узнав о намерении религиозного культа убить её сына, она обращается за помощью к Одиноким Стрелкам (Lone Gunmen). Однако даже они оказываются бессильны предотвратить похищение Уильяма, что заставляет Скалли принять тяжёлое решение. И даже в самые мрачные часы своей жизни она получает известие о том, что Малдер найден – и содержится под стражей в военном бриге по обвинению в убийстве человека, который не может умереть.
