После исчезновения Малдера Скалли возвращается в штаб-квартиру ФБР и обнаруживает, что специальный агент Джон Доггетт возглавляет поиски её партнёра. Зная о тщетности такого рода поисков, Скалли вместе со Скиннером обращаются к Одиноким Стрелкам в надежде получить информацию об активности НЛО вокруг времени пропажи Малдера. Однако эти сведения приводят их к Гибсону Прайсу — человеку с именем Гибсон, который на самом деле является инопланетным охотником за головами. Окончательно понимая, что найти Малдера будет непросто, агент Доггетт официально назначается руководителем дела X-Files. Теперь, после всего пережитого вместе с Малдером, именно Скалли становится «верующей», и ей приходится искать способ сотрудничества со «скептиком» Джоном Догкеттом.
