Команда терпит сокрушительное поражение и сталкивается с ошеломляющими трудностями. Приспосабливаясь к следующей стадии эволюции Машины, которая теперь полностью самоуправляема и скрыта от всех глаз, Финч и Риз объединяются с агентом-бунтаркой Сэмин Шоу для спасения жизней и поиска справедливости. Однако их миссии грозят разорвать команду на части. Джосс Картер и Лайонел Фуско наконец раскрывают преступную полицейскую конспирацию "HR", но ценой трагических потерь. Бывшая кибернетическая противница, а теперь точно настроенная союзница Машины – Рут – становится непредсказуемым соратником, когда команда узнает о втором аппарате наблюдения, готовом к активации и способном соперничать с Машиной.