Пришельцы Гаун представляют собой страшную угрозу для человечества. Спасаясь от безжалостного преследования этих ужасных врагов, люди отправились космическим путем на корабле «Сидония», в поисках нового пристанища среди звезд. Рыцари-пилоты неустанно защищают судно, однако Нагатэ Танэкадзэ, один из самых искусных и отважных летчиков, осознает неизбежность поражения перед лицом пришельцев. Его товарищи гибнут, а попытки использования новейшего вооружения заканчиваются стремительным отказом. Если не предпринять решительных действий, враг будет торжествовать победу. В критической ситуации требуются крайние меры. Военные умы и ученые создают химеру на основе давно забытых знаний — существо с телом Гауна и сознанием человека по имени Цумуги Сираиуэ. Это создание оказывает неоценимую помощь в битвах, но не все разделяют мнение о правильности такого решения. Так или иначе, на пути к новому дому землян ожидает множество препятствий, каждое из которых требует мужества и изобретательности для преодоления.
