Тысячу лет назад неизвестная раса гауна уничтожила Солнечную систему. Эти колоссальные существа, практически неуязвимые для любого вида оружия, не обладали разумом в человеческом понимании. Выжившие земляне спаслись от гибели благодаря космическим кораблям «Сидония», на которых они покинули пределы родной системы, обеспечив тем самым сохранение человеческого рода.
В долгих странствиях по космосу, спасаясь от преследований инопланетных существ, люди освоили искусство создания управляемых механизмов для защиты своих жизней. Нагатэ Танэкадзэ провёл всю свою жизнь в одиночестве среди космических просторов на борту корабля «Сидония». Когда его обнаружили, стало очевидно, что он обладает выдающимся талантом к управлению боевыми механизмами. Обучаясь пилотированию, Нагатэ теперь вместе со своими коллегами-пилотами ведёт ожесточённую и опасную борьбу против гауна, отстаивая право человечества на существование в бескрайних просторах Вселенной.
