За несколько лет до событий основного сюжета аниме глава деревни Коноха, Четвёртый Хокагэ, жертвуя собственной жизнью, заточил гигантского Девятихвостого Лиса внутри тела новорождённого мальчика — будущего главного героя истории.
Сирота Наруто Удзумаки после завершения обучения в Академии ниндзя был включён в состав команды № 7 под руководством опытного ниндзя Какаси Хатакэ, куда также вошли Сакура Харуно (к которой он испытывал симпатию) и лучший ученик выпуска Саске Учиха, поставивший перед собой задачу отомстить старшему брату Итачи, который когда-то уничтожил почти весь клан Учиха.
В первой же серьёзной миссии команда столкнулась с опасным преступником — Дзэцу Момоти.
После успешного завершения этой миссии Какаси Хатакэ предложил своим подопечным принять участие в экзамене на звание тюнина — более высокой ступени в иерархии ниндзя, что являлось значительным достижением для молодых шиноби.