Во втором сезоне раскрывается сюжетная линия о том, как агенты из параллельной вселенной начали свою деятельность в "реальном" мире. Биомеханически изменённые существа способны принимать облик любого человека, при этом убивая его. В результате один из таких гостей принимает форму агента ФБР Чарли Франкиса, коллеги Оливии Данэм. После возвращения Оливии из параллельного мира ей удаётся разоблачить и нейтрализовать этого самозванца. Наконец, подтверждается то, на что намекали в финале первого сезона: Питтер действительно не является сыном Уолтера Бишопа из привычной вселенной.
