Сюжет разворачивается после финала второго сезона в Панаме. Несмотря на то что Линкольн был оправдан, Майкл оказался заключённым в федеральной тюрьме "Сона", где встретился лицом к лицу с убийцами: Махмудом Багдади, Багвеллом и Беллойком, которые также были осуждены за различные преступления и помещены туда же.
"Компания" захватила заложниками Сару Танкреди, подругу Линкольна, и его сына Линкольна-младшего (Эл-Джея), угрожая убить их, если братья не выполнят условие: помочь бежать одному из заключённых по имени Джеймс Уистлер. Люди, контролирующие ситуацию, инсценировали смерть Сары и теперь требуют от братьев выполнить свои условия, чтобы спасти жизнь Эл-Джея.
