После разрушительных последствий уровня и рейда на Онигасиму, а также уничтожения королевства Лулусия, мир переживает значительные изменения. Пираты Соломенной Шляпы прибывают на футуристический остров Эггхед, где обитает супергений доктор Вегапанк. Джуэлри Бонни полон решимости убить Вегапанка за то злодеяние, которое тот совершил против Бартоломью Кумы, чьи связи с Вегапанком и его прошлое раскрываются в ходе повествования. В это же время отряд CP0 получает приказ об устранении Вегапанка, что приводит к морской осаде острова, перерастающей в инцидент мирового масштаба, который потрясет вселенную до основания.
