Третий сезон продолжает повествование с момента размолвки между Уиллом и Энджи, сосредотачиваясь на столкновении его неформальных семей и возвращении приемного брата Рафаэля. В этом сезоне также раскрываются расследования коррупции и биотеррористической атаки со стороны отечественной организации под названием «Фронт Основателей», что приводит к противостоянию с биологическим отцом Уилла.
