Прошло месяц после событий первого сезона: агенты Цитадели скрываются в тени и подвергаются преследованиям со стороны сил Мантикоры по всему миру. Их выводят из укрытия, чтобы объединить усилия с новой командой неординарных шпионов, когда бразильский миллиардер Пауло Брага, связанный с Мантикорой, угрожает выпустить в мир разрушительную технологию, созданную бывшим сотрудником Цитадели Бернардом Орликом.
