Главный герой сериала, Кларк, знакомится с Лоис Лейн, которая прибыла в городок в поисках убийцы своей сестры Хлои. Совместно они направляются в больницу, где уже несколько месяцев находится Джонатан, не выходя из комы. В процессе возвращения к семье Кларк сталкивается с Джор-Элом и навсегда меняется — теперь он Кал-Эл. На протяжении всего сезона герои ведут поиски трех загадочных камней, дарующих безграничную власть. Лана возвращается из Парижа с обновленными планами на будущее и новым бойфрендом. Джейсон, прибывший из того же города, убеждает Ланю продолжить их отношения, несмотря на возражения Кларксона. Скрывая свои чувства от Кларка, Джейсон и Лана продолжают развивать романтические связи.
Кларк вступает в школьную футбольную команду и сразу занимает позицию защитника после инцидента с предыдущим защитником, который спровоцировал драку с новым тренером — Джейсоном. Те, кто подверглись воздействию токсина (включая Кларксона, Ланну, Лекса и Джейсона), начинают видеть свои самые страшные кошмары как реальность и затем впадают в кому.
