Третий сезон разворачивается через три года после второго сезона и происходит преимущественно в Лос-Анджелесе, но также затрагивает северную Мексику, где Джек Бауэр встречается с семьей наркоторговцев. В течение дня Джек Бауэр и президент Дэвид Палмер пытаются предотвратить распространение смертельного вируса, созданного Стивеном Сондерсом – бывшим агентом правительства.
