В тринадцатом сезоне Агентство было поглощено шпионским конгломератом под названием IIA (Международное разведывательное агентство). Пока Арчер и его команда пытаются найти свою идентичность, выполняя странные задания для Фабиана, возникает вопрос: смогут ли они сохранить независимость или поддадутся влиянию своих корпоративных господ?